肇庆学院审计处于2007年7月从纪监审合署办公独立出来，是学校依法设立的内部审计机构。2023年11月学校中层机构设置为审计工作部。2024年6月学校内设机构审计工作部设立项目审计科及整改监督科。

审计工作部作为学校治理结构中重要的组成部分，坚持党对审计工作的集中统一领导，2020年6月学校成立审计委员会，在校长的直接领导下，审计工作部紧紧围绕学校改革和发展的中心任务，以“责任、忠诚、清廉、依法、独立、奉献”的审计理念为指导，坚持”依法审计、服务大局、突出重点、求真务实”的工作方针，坚持“审计促规范，审计促管理，审计促发展”的工作思路，发挥审计为改革和发展服务，为规范财务工作服务，为提高资金使用效益服务的作用。独立客观公正履行内部审计职责，发挥审计监督与保障双重职能，对本校及所属单位财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理以及内部管理领导人员履行经济责任情况等实施监督并作出评价和建议，坚持寓监督于服务之中，低调而务实地发挥“免疫系统”功能，推进审计全覆盖，推动依法治校工作。力争为学校提供多角度、多层次的增值服务，努力实现新的突破、打造新的亮点，在健全内部控制、严格预算管理、规范经费使用和推进党风廉政建设等方面发挥审计监督作用，为把学校建设成为新时代特色鲜明的高水平应用型大学、为学校各项事业行稳致远护航！

目前，审计工作部共有专职审计人员6名，其中高级会计师2名、高级实验师1名、助理会计师2名。